Klub powstał 28 września 1893 roku, a jego założycielem był Antonio Nicolau de Almeida, handlarz winem, który z piłką nożną zetknął się po raz pierwszy podczas swoich podróży po Anglii.


W 1906 opiekę nad FC Porto obejmuje José Monteiro da Costa – od tej chwili jest to nie tylko klub piłkarski, ale trenuje również tenisistów, lekkoatletów, bokserów oraz pływaków.


Pierwsze boisko klubowe nosiło nazwę „Campo da Rainha” (boisko Królowej). 7 lutego 1907 roku odbyło się spotkanie zarządu, na którym José Monteiro da Costa oficjalnie został mianowany na prezydenta FC Porto. Siedziba klubu mieściła się na Rua da Rainha. W marcu 1933 roku przeniesiona została na Praça do Municipio.


Pierwsze logo klubu miało postać granatowej piłki z białymi liniami i napisem FCP. Wybrane kolory miały symbolizować czystość, spokój i siłę woli. Dwadzieścia lat później dodano do niego symbol miasta Porto.



W ciągu następnych lat Porto zaczęło odnosić sukcesy stając jednym z najważniejszych klubów w Portugalii (obok takich jak SL Benfica i Sporting). W latach 1922 – 1938 czterokrotnie zdobyło Mistrzostwo Portugalii oraz wygrało rozgrywki ligowe w sezonie 1934/35.



Zwycięstwo w 1948 roku nad Arsenalem 3: 2 (najlepsza drużyny tamtych czasów) rozjaśniło okres niepowodzeń (po zwycięstwach w rozgrywkach ligowych w sezonach 1938/39 i 1939/40 Porto nie zdobyło żadnego tytułu aż do 1956 roku).

4 grudnia 1949 położono kamień węgielny pod nowy stadion. Uroczyste otwarcie „Estádio das Antas” odbyło się 28 maja 1952 roku.


Rok 1956 był rokiem przełomowym dla Porto. Po 16 latach niepowodzeń drużyna zajęła pierwsze miejsce w „Campeonato da 1ª Divisão” oraz zdobyła Puchar Portugalii. Po raz pierwszy wzięła też udział w rozgrywkach UEFA mierząc swoje siły z Athletic Bilbao. Następny sukces odniesiony został w sezonach: 1957/58 (Puchar Portugalii) oraz 1958/59 (zwycięstwo w Lidze).

W latach sześćdziesiątych Porto tylko raz było triumfatorem zdobywając Puchar Portugalii w sezonie 1967/68.

Na kolejne sukcesy trzeba było czekać do roku 1977, który przyniósł zwycięstwo w Pucharze Portugalii. Przełamana została zła passa - następne dwa sezony należały do Porto.


W 1982 roku kontrolę nad klubem przejął Jorge Nuno Pinto da Costa – Porto było wówczas jedynym klubem z „wielkiej trójki”, który nie miał na koncie zwycięstw w międzynarodowych rozgrywkach. Wkrótce uległo to zmianie. W sezonie 1986/87 FC Porto zdobyło po raz pierwszy Ligę Mistrzów (pokonując w finale 2:1 Bayern Munich – gole: Madjer, Juary), a także Superpuchar UEFA. Rok póĽniej Puchar Interkontyntynentalny.


Na następny sukces w rozgrywkach europejskich Porto czekało do 2003 roku. José Mourinho, który objął posadę trenera w klubie, doprowadził zespół do zwycięstwa w Pucharze UEFA (mecz finałowy z Celtic Glasgow zakończony wynikiem 3:2). 2004 rok przyniósł zwycięstwo w Lidze Mistrzów – w drodze po trofeum Porto przegrało tylko raz - z Realem Madryt. W meczu finałowym przeciwnikiem Porto była drużyna AS Monaco, którą Smoki pokonały 3:0 – wspaniałe gole zdobyte przez C. Alberto, Deco i D. Alenichev’a.

W grudniu 2004 Porto w rzutach karnych pokonało Once Caldas i zdobyło Puchar Interkontynentalny.

Jeżeli chodzi o „domowe” rozgrywki od roku 1983 Porto zdobyło: 13 razy Superligę, 8 razy Puchar Portugalii i 13 Superpucharów Portugalii.